Всякое русское поселение издавна считалось благополучным и достойным местом для жизни, если в нем была церковь. Более 100 лет растущее православное население Мальты жило без своего храма. Потребность в нем стала насущной в конце XVIII века. В те далекие времена верующий человек не ограничивал свою принадлежность к религии ношением крестика на груди. Люди ходили в церковь очень часто за 7 верст в соседнее село Бадай.
В начале 19-го века встал вопрос о строительстве в Мальте доб ротного каменного храма. Жители Мальты подали прошение генерал-губернатору Ивану Осиповичу Селифонтову с просьбой разрешить строительство в слободе каменного храма во имя Вознесения Господня с приделом Казанской Божией Матери. Прошение подписал поверен ный от крестьянского общества Егор Верещагин. В случае получения разре шения на строительство храма жители Мальты брали на себя обязательство обеспечивать священнослужителей «пахотной землей, сенными покосами и дачею за всякие требы доходов».
Не дожидаясь разрешения властей на строительства храма, жители близлежа щих сел и Мальты учинили «складство денег» на приобретение материалов: кирпич, камень булыжник на фундамент, тес кровельный и ломовой. Всего 2640 рублей. Для того чтобы ускорить дело, Егор Верещагин был отправлен к генерал-губернатору с дополнительным ходатайством, утверждая, что «упомяну тая мальтинская деревня состоит на трактовой московской дороге, где непремен но бывает надобность в священнике».
7 ноября 1804 года Российский император подписал указ о строительстве храма в далеком сибирском селе Мальта. Мальтинцы просили разрешение на строительство двухпридельного храма: во имя Вознесения Господня и Казанс кой Божией Матери. Но в 1805 году были открыты миру мощи Святителя Иннокентия, и местные епархиальные власти разрешили пристройку третье го придела. Таким образом, придельный храм Святителя Иннокентия в Мальте был одним из первых храмов во имя этого святого, если не самый первый.
В 1905 году к столетию храма был проведён капитальный ремонт главного придела: обновлён четырёхъярусный иконостас с резьбой и золотом, сделаны новые полы и под престолом укреплён каменный фундамент. Освящение обновлённого придела совершил Высокопреосвященнейший Тихон, архи епископ Иркутский и Верхоленский.
В середине XIX века каменная коло кольня начала отходить от стен храма, и в 1866 году ее разобрали.Вместо нее надстроили деревянную колокольню такого же размера и оштукатурили под камень.
Священники храма занимались просветительской деятельностью, они были попечителями приходского училища и преподавали в нем Закон Божий. Обязательно при крещении, венчании и отпевании усопших вели запись в метрических книгах, которые впоследствии становились официальными документами, подтверждающими гражданское состояние населения.
Летом 1918 года, в ходе ожесточенных боев между полками белых и красными дружинами на реке Белой, церковь значительно пострадала от артиллерийского огня. Колокольня использовалась как наблюдательный пункт, и именно туда были направлены выстрелы. Несмотря на повреждения, здание сохранилось, потребовав лишь ремонта.
Однако позже отношение властей к религии изменилось, храмы начали массово закрывать. В 1933 году храм в Мальте перестал функционировать, а спустя годы были разобраны правый и левый приделы храма, остался стоять лишь полуразрушенный остов.